De oorzaakcategorie autonome zenuwstelsel heeft betrekking op de aanwezigheid van een storing in het functioneren van het autonome zenuwstelsel. Het autonome of het vegetatieve zenuwstelsel bestaat uit een sympathisch en een parasympatisch deel en bestuurt allerlei onwillekeurige functies, zoals de spijsvertering, de ademhaling, de circulatie en de bloeddruk, excretie en de slaap. Het vegetatieve zenuwstelsel wordt bestuurd door de hypothalamus en is vaak verstoord na langdurige stress, een mechanische klap (aanrijding, hersenschudding), virussen en hevige emoties.